История Центра начинается с 1922 года, когда в Омске была открыта больница для речников. В 1922 году численность речников, находящихся под медицинским наблюдением, составляла 4500 человек; были открыты стационары в Омске на 20 коек, Черлаке - на 5, Павлодаре - на 10, Семипалатинске на 10 коек. Численность персонала составляла 31 человек.
С того времени стали функционировать амбулатории в Омске на пристани и в затоне, Черлаке, Павлодаре, Семипалатинске на пристани и в затоне, Усть-Туе, Усть-Ишиме, Усть-Каменогорске, кроме того, зубопротезный кабинет в Омске, аптека и аптечный склад.
Приказом по Сибирскому округу путей сообщения объявлено положение о лечебно-санитарном подотделе водного транспорта здравотдела Сибирского округа путей сообщения и организации 4 линейных здравотделов в районах Иркутска, Красноярска, Омска и Тюмени. Финансирование лечебно-профилактических учреждений на водном транспорте осуществлялось Наркомздравом, Наркоматом путей сообщения, страховыми кассами.
В 1924 году в больнице Омска за счет средств пароходства открыто хирургическое отделение, произведена первая хирургическая операция главным врачом-хирургом Шевченко В. Б., с того же времени на базе больницы размещаются терапевтическая и хирургическая кафедры медицинского института. Больница была развернута на 30 коек, 4 профильных отделения: терапевтическое, хирургическое, гинекологическое и акушерское.
В 1935 году по ходатайству пароходства Московское сануправление водного транспорта выделило средства, направило типовой проект и смету на строительство корпуса больницы водников. В районе Загородной рощи, затона на Иртыше была заложена больница, а после окончания ее строительства, с 1 мая 1937 года здесь располагалось уже 60 коек: 30 терапевтических, 20 хирургических, по 5 гинекологических и оториноларингологических.
В помещении патолого-анатомической лаборатории стали проводиться и клинические исследования. А в 1947 году после перевода лаборатории в основное здание было развернуто 12 коек для больных туберкулезом.
С 1923 года в деревянном двухэтажном здании дома бывшего пароходчика Колмакова открыта больница в Тюмени на 15 коек. С 1932 года в Тюмени сдается в эксплуатацию типовая поликлиника со вспомогательными кабинетами и клинической лабораторией.
В 1932 году была открыта больница в Тобольске на 15 коек, в это же время в подчинение Омского линздрава перешли медицинские учреждения по р. Иртышу до Нового Порта.
С 1942 года в бассейне внедряется участковый принцип оказания медицинской помощи речникам, вместо разъездного врача вводится должность участкового терапевта. С этого времени изменяется и характер преемственности звеньев здравоохранения на водном транспорте: здравпункт, участок, поликлиника, стационар.
В 60-е годы здравоохранение на водном транспорте получает новый импульс в своем развитии, когда в 1965 году водздравотдел реорганизован в Иртышскую центральную бассейновую больницу.
В этот период построены Тобольская линейная больница, две поликлиники в Тюмени, поликлиника при Тобольском СРЗ, вновь открыты 13 здравпунктов, 3 амбулатории. Число коек в бассейне достигло 440. Укрепление материальной базы здравоохранения всегда проводилось с финансовым участием пароходства, большинство больниц, поликлиник бассейна построено за счет средств речников.
С 1970 года вышла в первую навигацию плавучая поликлиника "Здоровье", что позволило оказывать высококвалифицированную, специализированную медпомощь населению в северных отдаленных районах Омской и Тюменской областей. За 21 навигацию принято с профилактической целью более 465 тысяч человек. Данные профилактических медосмотров на плавучей поликлинике "Здоровье" обеспечили раннее выявление, своевременное лечение заболеваний у речников, работающих в отрыве от основных баз, на значительном удалении от лечебно-профилактических учреждений бассейна.
С 1970 года бурно развивалась материально-техническая база лечебно-профилактических учреждений бассейна:
В Иртышском бассейне впервые среди медицинских учреждений водного транспорта России введена система динамического диспансерного наблюдения за здоровыми и больными. На сегодняшний день Западно-Сибирский медицинский центр ФМБА России представляет собой сочетание высококвалифицированного медицинского персонала, современного оборудования и комфортных условий для пациентов.